Rannikkopuolustussäätiön operatiivista toimintaa johtaa hallitus, joka kokoontuu yleensä kolmesti vuodessa. Vuoden ensimmäisessä kokouksessa käsitellään mm. taloudellinen tilanne ja toimintasuunnitelma, toinen kokous keskittyy saapuneiden hakemusten käsittelyyn ja kolmas kokous käsittelee mm. toimintakertomuksen.
Hallituksen jäsenet vuonna 2026
Kommodori Antti Rainio, upseerijäsen, puheenjohtaja
Komentaja Lari Pietiläinen, upseerijäsen
Kapteeniluutnantti Tatu Vartiainen, upseerijäsen
Senior Advisor Jouni Grönroos, henkilöjäsen
Asiakkuusjohtaja Lauri Byckling, henkilöjäsen
Toimitusjohtaja Juha Nora, henkilöjäsen
Säätiön asiamiehenä aloitti 1.1.2025 komentajakapteeni Otso Suppanen.